Hombre ligado a la Universidad, Ángel Gabilondo, durante el gobierno de José María Aznar, fue uno de los 'jefes' universitarios que salió a la calle para protestar contra la Ley Orgánica de Universidades (LOU) del PP, y en 2006, fue reelegido en el cargo como máxima autoridad de la UAM.

Con el regreso de la secretaría de Estado de Universidades al Ministerio de Educación, que tras las elecciones de 2008 había pasado a ser competencia del Ministerio de Ciencia e Innovación, Gabilondo está llamado a gestionar la adaptación de la universidad española al denominado Proceso Bolonia, una transformación de la universidad que ha generado incertidumbre en la comunidad universitaria y protestas por parte de diversos sectores de estudiantes. Algo que, en el que ya su antiguo cargo, él vivió personalmente al participar incluos en un encuentro con los estudiantes que estaban en contra del Proceso de Bolonia.